Olinda restaurada. Guerra e açúcar no Nordeste, 1630-1654. 1ª ed., Forence Universitária, S. Paulo, 1975; 2ª ed., Topbooks, Rio de Janeiro; 3ª ed., Editora 34, S. Paulo, 2007.

O norte agrário e o Império (1871-1889), 1ª ed., Nova Fronteira, Rio de Janeiro, 1984; 2ª. Ed., Topbooks, Rio de Janeiro, 1999.

Rubro veio. O imaginário da restauração pernambucana, 1ª ed., Nova Fronteira, Rio de Janeiro, 1986; 2ª ed., Topbooks, Rio de Janeiro, 1997; 3ª ed., Editora Alameda, S. Paulo, 2008.

O nome e o sangue. Uma parábola genealógica no Pernambuco colonial, 1ª ed., Companhia das Letras, S. Paulo, 1989; 2ª ed., Topbooks, Rio de Janeiro, 2000; 3ª ed., Companhia das Letras, S. Paulo, 2009.

A fronda das mazombas. Nobres contra mascates. Pernambuco, 1666-1715, 1ª ed., Companhia das Letras, São Paulo, 1995; 2ª ed., Editora 34, São Paulo, 2003; 3ª ed., Editora 34, São Paulo, 2012.

O negócio do Brasil. Portugal, os Países Baixos e o Nordeste, 1640-1669, 1ª ed., Topbooks, Rio de Janeiro, 1998; 2ª ed., Topbooks, Rio de Janeiro, 2003; 3ª ed., Companhia das Letras, São Paulo, 2011; edição ilustrada, Editora Capivara, Rio de Janeiro, 2015; edição portuguesa, Comissão Nacional para as Comemorações dos Descobrimentos Portugueses, Lisboa, 2001; tradução holandesa, De Braziliaanse Affaire. Portugal, de Republiek der Verenigde Nederlanden em Noor-Oost Brazilie, 1641-1669, Walburg Press, Amsterdam, 2005.

A ferida de Narciso. Ensaio de história regional, Editora Senac, São Paulo, 2001.

Um imenso Portugal. História e historiografia, 1ª ed., Editora 34, São Paulo, 2002; 2ª ed., Editora 34, São Paulo, 2008.

A outra Independência. O federalismo pernambucano de 1817 a 1824, 1ª ed., Editora 34, São Paulo, 2004; 2ª ed., Editora 34, São Paulo, 2014.

Nassau, governador do Brasil holandês, Companhia das Letras, São Paulo, 2006.

O Brasil holandês (1630-1654), Companhia das Letras, São Paulo, 2010.

O bagaço da cana. Os engenhos de açúcar do Brasil holandês, Companhia das Letras, São Paulo, 2012.

A educação pela guerra. Leituras cruzadas da história colonial. Companhia das Letras, São Paulo, 2014.

Participação em coletâneas

“O fim das casas-grandes”, em Luiz Felipe de Alencastro, História da vida privada no Brasil. Império: a Corte e a modernidade nacional, Companhia das Letras, São Paulo, 1997.

“The Dutch in Brazil”, em Paulo Herkenhoff, Brazil and the Dutch, 1630-1654, Sextante Artes, Rio de Janeiro, 1999.

“Uma nova Lusitânia”, em Carlos Guilherme Mota, Viagem incompleta: a experiência brasileira, Editora Senac, São Paulo, 1999

“A obra de José Antônio Gonsalves de Mello”, em Hugo Coelho Vieira e outros, Brasil holandês. História, memória e patrimônio compartilhado, Editora Alameda, São Paulo, 2012.

Obras organizadas pelo autor

Padre Lopes Gama. O Carapuceiro. Crônicas de costumes, Companhia das Letras, São Paulo, 1996.

Frei Joaquim do Amor Divino Caneca, Editora 34, São Paulo, 2001.

Os Diários de Joaquim Nabuco, Editora Bem-te-vi, Rio de Janeiro, 2007.

Sobre o autor

Lilia Moritz Schwarcz (organizadora), Leituras críticas sobre Evaldo Cabral de Mello, Editora UFMG, Belo Horizonte, 2008