Conto
Histórias de um Médico em Formação. 1962.
O Carnaval dos Animais. Porto Alegre: Movimento, 1968. 2.a ed., Rio de Janeiro: Ediouro, 2001.
A Balada do Falso Messias. São Paulo: Ática, 1976.
Histórias da Terra Trêmula. São Paulo: Escrita, 1976.
O Anão no Televisor. Porto Alegre: Globo, 1979.
Os Melhores Contos de Moacyr Scliar. São Paulo: Global, 1984.
Dez Contos Escolhidos. Brasília, Horizonte: 1984.
O Olho Enigmático. Rio de Janeiro: Guanabara, 1986.
Contos Reunidos. São Paulo: Companhia das Letras, 1995.
O Amante da Madonna. Porto Alegre: Mercado Aberto, 1997.
Os Contistas. Rio de Janeiro: Ediouro, 1997.
Histórias para (quase) Todos os Gostos. Porto Alegre: L&PM, 1998.
Pai e Filho, Filho e Pai. Porto Alegre: L&PM, 2002.
Mistérios de Porto Alegre. Porto Alegre: Artes & Ofícios, 2004.

Romance
A Guerra no Bom Fim. Rio de Janeiro: Expressão e Cultura, 1972. Porto Alegre: L&PM.
O Exército de um Homem Só. Rio de Janeiro: Expressão e Cultura, 1973. Porto Alegre: L&PM
Os Deuses de Raquel. Rio de Janeiro: Expressão e Cultura, 1975. Porto Alegre: L&PM.
O Ciclo das Águas. Porto Alegre: Globo, 1975; Porto Alegre: L&PM, 1996.
Mês de Cães Danados. Porto Alegre: L&PM, 1977.
Doutor Miragem. Porto Alegre: L&PM, 1979.
Os Voluntários. Porto Alegre: L&PM, 1979.
O Centauro no Jardim. Rio de Janeiro: Nova Fronteira, 1980. Porto Alegre: L&PM
Max e os Felinos. Porto Alegre: L&PM, 1981.
A Estranha Nação de Rafael Mendes. Porto Alegre: L&PM, 1983.
Cenas da Vida Minúscula. Porto Alegre: L&PM, 1991.
Sonhos Tropicais. São Paulo: Companhia das Letras, 1992.
A Majestade do Xingu. São Paulo: Companhia das Letras, 1997.
A Mulher Que Escreveu a Bíblia. São Paulo: Companhia das Letras, 1999.
Os Leopardos de Kafka. São Paulo: Companhia das Letras, 2000.
Uma História Farroupilha.Porto Alegre: L&PM, 2004.
Na Noite do Ventre, o Diamante. Rio de Janeiro: Objetiva, 2005.
Os vendilhões do tempo. São Paulo:Compahia das Letras,2006.
Manual da Paixão solitária.São Paulo: Companhia das Letras,2008.
Amor em Texto,Amor em Contexto.Campinas: Ed.Papyrus,2008, em col.com Ana Maria Machado.
Eu vos abraço,milhões.São Paulo: Companhiadas Letras, 2010.

Ficção infanto-juvenil
Cavalos e Obeliscos. Porto Alegre: Mercado Aberto, 1981. 2.ª ed., São Paulo: Ática, 2001.
A Festa no Castelo. Porto Alegre: L&PM, 1982.
Memórias de um Aprendiz de Escritor. São Paulo: Cia. Editora Nacional, 1984.
No Caminho dos Sonhos. São Paulo: FTD, 1988.
O Tio Que Flutuava. São Paulo: Ática, 1988.
Introdução à Prática amorosa. São Paulo: Scipione, 1988. Republicado como Aprendendo a Amar e a Curar. São Paulo: Scipione, 2003.
Os Cavalos da República. São Paulo: FTD, 1989.
Pra Você Eu Conto. São Paulo: Atual, 1991.
Uma História Só pra Mim. São Paulo: Atual, 1994.
Um Sonho no Caroço do Abacate. São Paulo: Global, 1995.
O Rio Grande Farroupilha. São Paulo: Ática, 1995.
Câmera na Mão, o Guarani no Coração. São Paulo: Ática, 1998.
A Colina dos Suspiros. São Paulo: Moderna, 1999.
Livro da Medicina. São Paulo: Companhia das Letrinhas, 2000.
O Mistério da Casa Verde. São Paulo: Ática, 2000.
O Ataque do Comando P.Q. São Paulo: Ática, 2001.
O Sertão Vai Virar Mar. São Paulo: Ática, 2002.
Aquele Estranho Colega, o Meu Pai. São Paulo: Atual, 2002.
Éden-Brasil. São Paulo: Companhia das Letras, 2002.
O Irmão Que Veio de Longe. São Paulo: Companhia das Letras, 2002.
Nem uma Coisa, nem Outra. Rio de Janeiro: Rocco, 2003.
O Navio das Cores. São Paulo: Berlendis &Vertecchia, 2003.
Histórias de Aprendiz. Rio de Janeiro: Mondrian, 2004.
Um Menino Chamado Moisés. São Paulo: Ática, 2004.
O Amigo de Castro Alves. São Paulo, Ática, 2005.
Respirando Liberdade. Rio de Janeiro, Larousse, 2005.
Ciumento de carteirinha. São Paulo: ática,2006.
A palavra mágica. São Paulo:Moderna,2007.
O menino e o bruxo. São Paulo:Ática,2007.

Crônica
A Massagista Japonesa. Porto Alegre: L&PM, 1984.
Um País Chamado Infância. Porto Alegre: Sulina, 1989.
Dicionário do Viajante Insólito. Porto Alegre: L&PM, 1995.
Minha Mãe não Dorme Enquanto Eu não Chegar. Porto Alegre: L&PM, 1996.
A Língua de Três Pontas: Crônicas e Citações sobre a Arte de Falar Mal. Porto Alegre: Artes e Ofícios, 2001.
O Imaginário Cotidiano. São Paulo: Global, 2001.
As Melhores Crônicas de Moacyr Scliar. São Paulo: Ed. Global, 2004.
Do jeito que a gente vive. Belo Horizonte: Leitura,2007.
Histórias que os jornais não contam. Rio de Janeiro: Agir, 2009.

Ensaio
A Condição Judaica. Porto Alegre: L&PM, 1987.
Do Mágico ao Social: a Trajetória da Saúde Pública. Porto Alegre: L&PM, 1987. 2.ª ed., São Paulo: Senac, 2002.
Cenas Médicas. Porto Alegre: Editora da UFRGS, 1988. 2ª ed., Porto Alegre: Artes & Ofícios, 2002.
Se Eu Fosse Rotschild. Porto Alegre: L&PM, 1993.
Judaísmo: Dispersão e Unidade. São Paulo: Ática, 1994.
Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Relume-Dumará, 1996.
A Paixão Transformada: História da Medicina na Literatura. São Paulo: Companhia das Letras, 1996.
Meu Filho, o Doutor: Medicina e Judaísmo na História, na Literatura e no Humor. Porto Alegre: Artes Médicas, 2000.
Porto de Histórias: Mistérios e Crepúsculos de Porto Alegre. Rio de Janeiro: Record, 2000. Reeditado como Histórias de Porto Alegre. Porto Alegre: L&PM, 2004.
A Face Oculta: Inusitadas e Reveladoras Histórias da Medicina. Porto Alegre: Artes e Ofícios, 2000.
A Linguagem Médica. São Paulo: Publifolha, 2002.
Oswaldo Cruz & Carlos Chagas: o Nascimento da Ciência no Brasil. São Paulo: Odysseus, 2002.
Saturno nos Trópicos: a Melancolia Europeia Chega ao Brasil. São Paulo: Companhia das Letras, 2003.
Judaísmo. São Paulo: Abril, 2003.
Um Olhar sobre a Saúde Pública. São Paulo: Scipione, 2003.
O Olhar Médico. São Paulo: agora, 2005.
O texto, ou: a vida. Rio de Janeiro: Bertrand Brasil,2007.
Enigmas da culpa. Rio de Janeiro: Objetiva,2007.
Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: ABL,2009.

Traduções

Em Inglês
The Centaur in the Garden (novel). New York: Ballantine Books, 1985; Pocket Edition, 1988; The University of Wisconsin Press, 2003.
The Gods of Raquel (novel). New York: Ballantine Books, 1986. Pocket Edition, 1988.
The Carnival of the Animals (short stories). New York: Ballantine Books, 1986.
The Ballad of the False Messiah (short stories). New York: Ballantine Books, 1987.
The Strange Nation of Rafael Mendes (novel). New York: Crown Books, 1988.
The Volunteers (novel). New York: Ballantine Books, 1988.
The Enigmatic Eye (short stories). New York: Ballantine Books, 1989.
Max and the Cats (novel). New York: Ballantine Books, 1990. New York, Plume, 2003. Toronto: Key Porter Books, 2003.
The Collected Stories of Moacyr Scliar. Albuquerque: New Mexico University Press, 1999.

Em Espanhol
El Centauro en el Jardín (novela). Madrid: Editorial Swan, 1985. Barcelona: Círculo de Letras, 1986.
La Extraña Nación de Rafael Mendes (novela). Barcelona: Circe Ediciones, 1988.
El Ejercito de un Solo Hombre (novela). Buenos Aires: Contexto, 1987. Bogotá: Tercer Mundo, 1988.
El Ejército de un Hombre Solo (novela). Tafalla (País Basco): Txalaparta, 2004.
La Oreja de Van Gogh. La Habana: Casa de las Americas, 1989.
Las Plagas y Otros Relatos. Caracas: Editorial Memorias de Altagracia, 1996.
La Mujer Que Escribió la Bíblia. México: Alfaguara, 2001.
La Mujer Que Escribió la Bíblia. México: Punto de Lectura, 2003.
Max y los felinos. Bogotá: Ed.B., 2006. 

Em Francês
Le Centaure dans le Jardin (roman). Paris: Presses de la Renaissance, 1985.
L’Étrange Naissance de Rafael Mendes (roman). Paris: Presses de la Renaissance, 1986.
Le Carnaval des Animaux (contes). Paris: Presse de la Renaissance, 1987. Le Serpent à Plumes, 1998.
Max et les Chats (roman). Paris: Presses de la Renaissance, 1991.
Oswaldo Cruz le Magnifique (roman). Paris: Belfond, 1994.
Sa Majesté des Indiens (roman). Paris: Albin Michel, 1998.
Max et les Félins (roman). Québec: Les Intouchables, 2003.
La femme qui écrivit La Bible. Paris: Albin Michel, 2003. 

Em Alemão
Der Zentaur im Garten (Roman). Hamburg: Hoffman und Campe, 1985. Berlin (DDR): Verlages Volk und Welt, 1988. Hamburg: Rowolt, 1989.
Die Ein-Mann-Armee (Roman). Stuttgart: Edition Weitbrecht, 1987. Goldmann Verlag, 1989.
Das Seltsame Volk des Rafael Mendes (Roman). Stuttgat: Edition Weitbrecht, 1989.
(Todos os livros traduzidos por Karin von Schweder-Schreiner)

Em Português (Portugal)
O Centauro no Jardim (romance). Lisboa: Caminho Editorial, 1986.
A Orelha de Van Gogh (contos). Lisboa: Pergaminho, 1994.
A Majestade do Xingu. Lisboa: Caminho Editorial, 2001.
O exército de um homem só. Lisboa: Cminho Editorial, 2002.

Em Holandês
De Centaur in de Tuin (Roman). Amsterdam: Werldsbibliothek, 1994.

Em Hebraico
Hakentaur ba Gan. Tel Aviv: Maariv Book Guild, 1988.

Em Italiano
L'Orecchio di Van Gogh. Roma: Voland, 2000.
Il Centauro nel Giardino. Roma: Voland, 2002.
La Donna Che Schrisse la Biblia. Roma: Voland, 2004.

Em Tcheco
Leopardi Franze Kafky. Praha: Aurora, 2002.

Em Russo
The Centaur in the Garden (O Centauro no Jardim). Moscou: Amphora, 2002.

Participação em Antologias (estrangeiras)
Opowidanic brazylijskie. Krakow: Widawinctwo Literackie, 1977.
Brazil – an Anthology of the Literary Review. New Jersey: Farleigh Dickinson University, 1978.
Unsere Freunde die Diktatoren. Munchen: Verlag Autoren Edition, 1980.
Humor and Satire. Varno, Bulgaria: Georgy Bakalov Publishing House, 1980.
Latin-America Forteller. Oslo: den Norske Booklusen, 1980.
Zitrongras. Köln: Kiepenheuser & Witsch, 1982.
Diser Tag Voller Vulkane. Bremen: Verlay Atelier, 1983.
Nouvelles brésiliennes. Montreal: Dérivés, 1983.
A Posse da Terra. Lisboa: Imprensa Nacional, 1985.
Contes et chroniques d’expression portugaise. Paris: Presses Pocket, 1986.
Ein neuer Name, ein Freundes fesicht. Sarmstad: Lunchterhand, 1987.
Cuentos judíos latinoamericanos. Buenos Aires, Raíces, 1989.
The Faber Book of Contemporary Latin American Short Stories. London: Faber and Faber, 1989.
Cuentos Brasileños Contemporáneos. La Habana: Editorial Arte y Literatura, 1991.
Der Lauf der Sonne in den Gemässigten Zonen. Berlin: Edition Dia, 1991.
A Hammock Beneath the Mangoes: Stories from Latin America. New York: Dutton, 1991.
Fallen die Perlen von Mond. München: Piper, 1992.
Nachdenken über Eine Reise Ohne Ende. Berlin: Babel Verlag, 1994.
Lire en Portugais (Contes). Paris: Le Livre de Poche, 1994.
Brasilien Erzählt. Frankfurt am Main: Fischer, 1994.
Nueva Antología del Cuento Brasileño Contemporaneo. México: Unam, 1996.
Brasil Littéraire. Paris: Liberté, 1996.
Trettí Breh Reky. Praha: Dauphin, 1996.
Contes de Noël Brésiliens. Paris: Albin Michel, 1997.
The Picador Book of Latin American Stories (eds.: Carlos Fuentes & Julio Ortega). London: Picador, 1998.
Here I Am: Contemporary Jewish Stories from Around the World. Philadelphia and Jerusalem: The Jewish Publication Society, 1998.