A Coleção Afrânio Peixoto foi assim nomeada por decisão unânime da Academia, em 1931, para homenagear seu idealizador e dinâmico realizador. Considerada a primeira Coleção das publicações acadêmicas, essa coleção se formou a partir das obras que saíram como Biblioteca de Cultura Nacional.
A publicação das demais séries da Coleção Afrânio Peixoto interrompeu-se em 1961, com as Obras de João Ribeiro, Crítica, volumes V e VI. Porém em 1986, o Presidente Austregésilo de Athayde determinou à Comissão de Publicações a continuação da Coleção Afrânio Peixoto, inaugurando a nova fase com João Francisco Lisboa - O Timon Maranhense.
Obras
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Discursos de Afrânio Coutinho
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Correspondência Completa de Casimiro de Abreu
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Correspondência de Machado de Assis Tomo I - 1860-1869
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Domício da Gama - Contos
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Francisco Alves de Oliveira: livreiro e autor
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Memórias de guerra - O Vaticano e a Itália nas duas guerras mundiais
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Correspondência de Machado de Assis: Tomo III, 1890-1900.
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As Amargas, Não - Lembranças
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Poesias
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Múcio Leão - Centenário
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Cinematógrafo (Crônicas Cariocas)
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Esboços e perfis / Horas do bom tempo (Memórias e fantasias)